nest-基于MacOS-Python3环境安装

0.摘要

NEST是一款模拟神经网络模型的模拟器，它关注的是神经系统的动力学、大小和结构，而不是单个神经元的形态学。

NEST平台是任意尺寸的脉冲神经网络的理想选择，例如:

信息处理模型，例如在哺乳动物的视觉或听觉皮层，网络活动动力学模型，例如层状皮层网络或平衡随机网络，学习和可塑性的模型。

本文主要介绍在python3环境下安装nest模拟器，python2的用户可以参考本文内容，修改响应参数和路径完成安装。

 

1.安装步骤。

首先尝试了官方给出的Homebrew安装步骤，但由于一些与python版本相关的配置存在问题，最终未能成功安装；

之后，尝试了手动安装方式，成功安装。

以下介绍手动安装方式：

step1：安装Xcode from the AppStore

step2：在Terminal执行命令，以安装 Xcode command line tools

xcode-select --install

 step3：安装依赖库

brew install gcc cmake gsl open-mpi libtool

step4：建立安装目录并解压文件

mkdir NEST # directory for all NEST stuff cd NEST tar zxf nest-simulator-x.y.z.tar.gz mkdir bld cd bld

step5：安装

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/Users/shangyj/my_software/bld \ -DPYTHON_EXECUTABLE=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/bin/python3 \ -DPYTHON_LIBRARY=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/libpython3.6m.dylib \ -DPYTHON_INCLUDE_DIR=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/include/python3.6m \ -DCMAKE_C_COMPILER=gcc \ -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \ -Dwith-mpi=ON \ /Users/shangyj/Downloads/nest-simulator-2.16.0 make -j4 # -j4 builds in parallel using 4 processes make install make installcheck

如果考虑升级或者重装，可以使用vim cmake.sh，将cmake命令存为cmake.sh文件，安装时只需要source cmake.sh即可。

 

step6：添加环境变量。不添加环境变量，nest将只能在安装目录下调用，其他位置无法调用。

export PATH=$PATH:/install/path/bin export PYTHONPATH=/install/path/lib/pythonX.Y/site-packages:$PYTHONPATH

注意，这里的pythonX.Y/site-packages是在安装目录下的，而不是系统中python/site-packages。

更简单的方法是：找到/install/path/bin/nest_vars.sh，并把nest_vars.sh加入到~/.bash_profile中。