MATLAB实现PFFM算法

xiaoxiao2021-02-28  69

1.对文件内容根据P值排序

2.导出order

3.设置滑动窗

4.循环后归零

5.运用MATLAB求特征值公式strcmp计算

%以元胞数组形式导入supplementary materials(table S1) %导入蛋白质序列文件C s1=sortrows(s1,-6);%将s1按照P值降序排序 order=s1(1:20,3);%氨基酸排列顺序 %A=round(rand(20,20));%生成一个20*20的0,1矩阵; A=zeros(20,20); for i=1:length(C)-19 AA(i,1:20)=C(1,i:i+19) end %设置滑动窗 [colu,row]=size(AA)%返回AA行列数 %比对,求特征值 for r=1:colu A=zeros(20,20) for p=1:20 for q=1:20 if strcmp(AA(r,p),order(q,1))==1 A(p,q)=1; else A(p,q)=0; end end end [V,D]=eig(A); E(1,r)=sum((sum(abs(D)))'), end

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