下载页面https://conda.io/miniconda.html
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh由于qiime1官网已经停止维护,且有些依赖包只能使用旧版本,因此,建议使用虚拟环境的方法进行安装。不然会与系统的软件冲突。如系统默认版本为python3,matplotlib版本为最高级。
命令解析: - 创建虚拟环境qiime1 - 指定安装的软件python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose - 指定channel的通道bioconda
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda安装完成后,底部显示:
# # To activate this environment, use: # > source activate qiime1 # # To deactivate an active environment, use: # > source deactivate #环境激活后,前头显示虚拟环境的名称
$source activate qiime1 (qiime1) toucan@tssys /home/toucan/software Thu Jun 14 16:58 forstart # 确认是否安装成功 print_qiime_config.py -t关闭环境后,会自动退出虚拟环境的前缀
(qiime1) toucan@tssys /home/toucan/software Thu Jun 14 17:05 forstart $source deactivate qiime1 toucan@tssys /home/toucan/software Thu Jun 14 17:06 forstart安装非常顺利,大概5min。相比虚拟机,本地安装,conda实在太快了。