R堆叠柱状图各成分连线画法:突出展示组间物种丰度变化

xiaoxiao2021-02-28  13

作者:朱微金 李陈浩

堆叠柱状图连线画法

提出问题

18年1月29日宏基因组转载了中科院生态中心邓晔组的文章《土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化 》。其中的图3基于堆叠柱状图,添加组间各成分连线,可以更容易的观察和比较组间的变化。如下图:

我在很多文章中也见过,一直没有学会具体的做法。这回正好身边的人会做,就问了一个作者,结果回复是origin画的,有个选项就可以添加组间连线。

现在方法是有了,不过我还是喜欢用R来画图,因为每一个细节的修改都落实的代码上,可见可重复。

而窗口操作类的软件,操作过程是不容易被记录的,别人也很难重复。

我下午将此问题放在了宏基因组0讨论群中,问是否有R包或现成的函数一句话实现在堆叠图中添加组间连线。

获取专业解答

李陈浩老师首先説写两句R就搞定。可是以我的R水平,虽然学过R in action,还只是会按帮忙使用包,修改代码的水平,很难写代码实现想法。

同时李海敏、沈伟等几位老师,也提供了众多解决方案,如ggalluvial,这个更炫酷,功能过于强大,我会在下一次分享中把中文笔记和使用心得带给大家。

到了晚上,新加坡的李陈浩老师己经将我要的需求帮助写好了,大赞。如下,我略微修改并注释:

# 绘图包、数据清洗、表格宽转长 library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) # 读生一个测试数据宽表格 df=data.frame( Phylum=c("Ruminococcaceae","Bacteroidaceae","Eubacteriaceae","Lachnospiraceae","Porphyromonadaceae"), GroupA=c(37.7397,31.34317,222.08827,5.08956,3.7393), GroupB=c(113.2191,94.02951,66.26481,15.26868,11.2179) ) # melt转换为长表格为ggplot2绘图通用格式 # geom_segment添加直线和曲线,arrange按门水平名称字母降序排列;cumsum先将数值累计,再用mutate取代;现在己有两组间的高度位置,再设置X轴位置1.25, 1.75, 和Y位置 ggplot(melt(df), aes(x=variable, y=value, fill=Phylum)) + geom_bar(stat = "identity", width=0.5, col='black') + geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% mutate(GroupA=cumsum(GroupA)) %>% mutate(GroupB=cumsum(GroupB)), aes(x=1.25, xend=1.75, y=GroupA, yend=GroupB))

有模板改参数我喜欢

即然有了画两组的模板,仔细读一读代码,改成三组的应该不难,代码如下:

# 画三个组间比较 # 读生一个测试数据宽表格 df=data.frame( Phylum=c("Ruminococcaceae","Bacteroidaceae","Eubacteriaceae","Lachnospiraceae","Porphyromonadaceae"), GroupA=c(37.7397,31.34317,222.08827,5.08956,3.7393), GroupB=c(113.2191,94.02951,66.26481,15.26868,11.2179), GroupC=c(123.2191,94.02951,46.26481,35.26868,1.2179) ) # melt转换为长表格为ggplot2绘图通用格式 # geom_segment添加直线和曲线,arrange按门水平名称字母降序排列;cumsum先将数值累计,再用mutate取代;现在己有两组间的高度位置,再设置X轴位置1.25, 1.75, 和Y位置 ggplot(melt(df), aes(x=variable, y=value, fill=Phylum)) + geom_bar(stat = "identity", width=0.5, col='black') + theme_classic()+ geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% mutate(GroupA=cumsum(GroupA)) %>% mutate(GroupB=cumsum(GroupB)), aes(x=1.25, xend=1.75, y=GroupA, yend=GroupB))+ geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% mutate(GroupB=cumsum(GroupB)) %>% mutate(GroupC=cumsum(GroupC)), aes(x=2.25, xend=2.75, y=GroupB, yend=GroupC)) # 添加theme_classic()修改主题样式,这个经典主题我更喜欢 # x和xend分别为起始和终止,1,2组间X值起始分别为1.25和1.75,2,3组间则为2.25和2.75

此图比较适合展示时间序列、梯度变化有规律的连续组。因为只能连接相临的组,需要大家想好谁和谁比较很重要。对于需要全部两两比较是无法实现的。

最后感谢万能的宏基因组微信讨论群,我让认识了大家,总在我有困难时,大家无私的帮助我。谢谢你们!

希望我也能尽快成长为小牛,有更多的能力帮忙别人。

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