3Dslicer

一、模块简介

该模块作为3Dslicer核心模块的中的一个，主要被用来在MRML scene场景中创建和编辑相关的注释（annotations）和补充信息。目前在该模块里支持的注释（annotations）有标尺（rulers）和ROIs（regions of interest ），关于基准点的相关创建和应用已经被放在了Markups模块中。

二、应用方向

该模块经常被应用在以下情形下：

用标尺俩测量肿瘤的大小用ROIs切割原数据体（volume）来绘制

三、界面面板

与该模块相关的界面面板主要有四个：Annotations panel，Modify Annotation Properties panel，Modify Hierarchy Properties panel，和Annotation tool bar panel。

    1.Annotations panel

                            

       主要包含一个Edit面板，用来编辑和管理当前场景中的所有注释（Annotation）的相关属性信息。在该面板上层中有各种方便操作控制按钮用来简化注释的管理，包括选择、可视化、上锁等关键操作。

       另外，场景中的所有注释都才采用一种注释分层树（Annotation Hierarchy tree）的管理模式来进行分层管理，Edit面板的下层便对这种管理进行了直观显示，可以直接用鼠标来进行信息的编辑和管理。

    2.Modify Annotation Properties panel

                        

       该面板显然是对注释信息属性的一些设置，包括颜色、位置、大小缩放、透明度等不同的属性，且对于不同的注释类型会有不同的属性供以设置。

    3.Modify Hierarchy Properties panel

                        

        该面板也是对注释属性进行设置的面板，不过在分层面板中设置的属性会对该分层下的所有注释有效。

    4.Annotation tool bar panel

                                                    

        可在该面板下选择将要放置的注释类型，标尺或ROIs，另外该可以在此选择是否连续放置

四、开发者必晓

 

用Python编写代码在场景中添加标尺 rulerNode = slicer.vtkMRMLAnnotationRulerNode() rulerNode.SetPosition1(-10,-10,-10) rulerNode.SetPosition2(10,10,10) rulerNode.Initialize(slicer.mrmlScene)

在slicer中用Python Interactor来完成给定端点的标尺的添加

 

通过注释分层节点的ID来获取该分层下子注释的信息，例如获取标尺的位置 # get the first list of annotations listNodeID = "vtkMRMLAnnotationHierarchyNode2" annotationHierarchyNode = slicer.mrmlScene.GetNodeByID(listNodeID) # get the first in the list listIndex = 0 annotation = annotationHierarchyNode.GetNthChildNode(listIndex).GetAssociatedNode() coords1 = [0,0,0] coords2 = [0,0,0] annotation.GetPosition1(coords1) annotation.GetPosition2(coords2) print coords1, coords2

 

 

 

如果已知注释节点的ID，可以直接获取关于该注释的相关信息 rulerID = "vtkMRMLAnnotationRulerNode2" ruler = slicer.mrmlScene.GetNodeByID(rulerID) coords1 = [0,0,0] coords2 = [0,0,0] ruler.GetPosition1(coords1) ruler.GetPosition2(coords2) print coords1, coords2

 

 

 

通过Python编码来改变GUI的状态到注释放置状态

 

selectionNode = slicer.mrmlScene.GetNodeByID("vtkMRMLSelectionNodeSingleton") # place rulers selectionNode.SetReferenceActivePlaceNodeClassName("vtkMRMLAnnotationRulerNode") # to place ROIs use the class name vtkMRMLAnnotationROINode interactionNode = slicer.mrmlScene.GetNodeByID("vtkMRMLInteractionNodeSingleton") placeModePersistence = 1 interactionNode.SetPlaceModePersistence(placeModePersistence) # mode 1 is Place, can also be accessed via slicer.vtkMRMLInteractionNode().Place interactionNode.SetCurrentInteractionMode(1)

在slicer的2D和3D视图中已经转变为了标尺注释放置状态。

 

注释的变换应用

个人的注释是可进行变换的（能够将其放于一个变换节点下），分层List不能进行变换，所以想将变换应用于一组注释上，可通过Python Interactor来进行，代码如下：

    1.获取变换节点的MRML ID（通过数据模块来获取）

transformNodeID = "vtkMRMLLinearTransformNode5"

    2.获取想要进行变换的注释所在的注释分层表单ID

listNodeID = "vtkMRMLAnnotationHierarchyNode3"

    3.将所有在此表单下的注释皆进行变换

annotationHierarchyNode = slicer.mrmlScene.GetNodeByID(listNodeID) numNodes = annotationHierarchyNode.GetNumberOfChildrenNodes() for i in range(numNodes): annotation = annotationHierarchyNode.GetNthChildNode(i).GetAssociatedNode() annotation.SetAndObserveTransformNodeID(transformNodeID)

 

Selection and interaction

Selection表征了怎样在GUI中改变鼠标放置节点的放置模式。对于Selection 和 interaction节点，确保获取到了已经存在于场景中的相关单节点，获取方法:

vtkMRMLApplicationLogic *mrmlAppLogic = this->GetMRMLApplicationLogic(); vtkMRMLInteractionNode *inode = mrmlAppLogic->GetInteractionNode(); vtkMRMLSelectionNode *snode = mrmlAppLogic->GetSelectionNode();

如果在 mrml application logic中获取不到，可以从场景（scene）中获取：

vtkMRMLInteractionNode *interactionNode = vtkMRMLInteractionNode::SafeDownCast(this->GetMRMLScene()->GetNodeByID("vtkMRMLInteractionNodeSingleton"));

接下来便可以调用Selection and interaction节点中的方法来进行相关设置，或者添加你自己的场景事件观察者：

vtkSlicerAnnotationModuleLogic::ObserveMRMLScene

会监视场景中的节点变化，接下来可以在vtkSlicerMarkupsModuleLogic::ProcessMRMLNodesEvents中查看怎样对interaction node的改变做出反应。 Slicer4/Base/QTGUI/qSlicerMouseModeToolBar.cxx中也有一些代码采用简便的方式在 mrml app logic 中获取两类节点。

调用Selection and interaction节点中的方法来在GUI中切换交互模式到标尺的放置模式：

selectionNode->SetReferenceActivePlaceNodeClassName("vtkMRMLAnnotationRulerNode"); interactionNode->SetCurrentInteractionMode(vtkMRMLInteractionNode::Place);

如果你没有调用interaction节点中的方法SetPlaceModePersistence()来设置PlaceModePersistence，那么在你进行完一次放置后，当前的交互模式将返回到原来的view transform，你讲需要重新设置交互模式来进行下一步的放置（前面设置的PlaceNodeClassName不会改变）。简单来讲就是你并没有设置注释的连续放置，那么在防止玩一次之后还要重新将交互模式设置为放置模式，但放置的节点类型做了保留，不用重新设置。  

参考：

https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.8/Modules/Annotations