UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备

xiaoxiao2021-02-28  5

UCSF DOCK6.8对接教程

        DOCK6 UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请申请时需要填写真实详细的信息(学校名称网站地址、导师名称等等)

DOCK6.8安装

UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件:点击打开链接

准备蛋白质分子的表面文件(Chimera)

打开rec_noH.pdb,Action>Surface>showTools>Structure Editing>Write DMS ,保存为rec.dms

生成受体空间(DOCK6.8)

INSPH文件放入对接文件夹;

INSPH

rec.dms R X 0.0 4.0 1.4 rec.sph

终端输入sphgen,生成OUTSPHrec.sph

                                                                                                                                                                                              

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